| 登録名 | 所在地 | 登録年 | 備考 | |
| 1 | 法隆寺地域の仏教建造物 | 奈良県 | 1993年12月 | |
| 2 | 姫路城 | 兵庫県 | 1993年12月 | |
| 5 | 古都京都の文化財 | 京都府 滋賀県  | 
      1994年12月 | |
| 6 | 白川郷・五箇山の合掌造り集落 (R4追加) | 岐阜県 富山県  | 
      1995年12月 | |
| 7 | 原爆ドーム | 広島県 | 1996年12月 | 負の世界遺産 | 
| 8 | 厳島神社 | 広島県 | 1996年12月 | |
| 9 | 古都奈良の文化財 (H31追加) | 奈良県 | 1998年12月 | |
| 10 | 日光の社寺 | 栃木県 | 1999年12月 | |
| 11 | 琉球王国のグスク及び関連遺産群 | 沖縄県 | 2000年12月 | |
| 12 | 紀伊山地の霊場と参詣道   (R5追加)  | 
      和歌山県 奈良県 三重県  | 
      2004年7月 | 文化的景観 | 
| 14 | 石見銀山遺跡とその文化的景観 | 島根県 | 2007年6月 | 文化的景観 産業遺産  | 
    
| 15 | 平泉―仏国土(浄土)を表す建築・庭園及び考古学的遺跡群― | 岩手県 | 2011年6月 | |
| 17 | 富士山―信仰の対象と芸術の源泉 | 静岡県 山梨県  | 
      2013年6月 | |
| 18 | 富岡製糸場と絹産業遺産群 (R3追加) | 群馬県 | 2014年6月 | 産業遺産 近代化遺産  | 
    
| 19 | 明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業 (H27) (H30追加) (R2追加)  | 
      山口県・鹿児島県・ 静岡県・岩手県・ 佐賀県・長崎県・ 福岡県・熊本県  | 
      2015年7月 | 産業遺産 近代化遺産 稼働遺産  | 
    
| 20 | ル・コルビュジエの建築作品-近代建築運動への顕著な貢献- (H28) | 東京都・フランスほか | 2016年7月 | 現代建築 | 
| 21 | 宗像・沖ノ島と関連遺産群 (H29) | 福岡県 | 2017年7月 | |
| 22 | 長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産      (H30) | 
      長崎県・熊本県 | 2018年6月 | |
| 23 | 百舌鳥・古市古墳群 -古代日本の墳墓群- (未訪問) | 大阪府 | 2019年7月 | |
| 25 | 北海道・北東北の縄文遺産群 (R6) | 北海道・青森・ 岩手・秋田  | 
      2021年7月 | |
| 26 | 佐渡島の金山 | 新潟県 | 2024年7月 | 
| 登録名 | 所在地 | 登録年 | 備考 | |
| 3 | 屋久島 | 鹿児島県 | 1993年12月 | 屋久島国立公園 屋久島原生自然環境保全地域  | 
    
| 4 | 白神山地 | 青森県 秋田県  | 
      1993年12月 | 白神山地自然環境保全地域 | 
| 13 | 知床 | 北海道 | 2005年7月 | 知床国立公園 遠音別岳原生自然環境保全地域  | 
    
| 16 | 小笠原諸島 (未訪問) | 東京都 | 2011年6月 | 小笠原国立公園 南硫黄島原生自然環境保全地域  | 
    
| 24 | 奄美大島、徳之島、沖縄北部及び西表島 | 鹿児島県 沖縄県  | 
      2021年7月 | 奄美群島国立公園 やんばる国立公園 西表石垣国立公園 自然環境保全地域(崎山湾・網取湾)  | 
    
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| (2024年) nippon.comより |