築城時期は不明である。長良川西岸の洲股（墨俣）[の地は交通上・戦略上の要地で、戦国時代以前からしばしば合戦の舞台となっていた（墨俣川の戦い）。斎藤氏側で築いた城は斎藤利為らが城主を務めた。また、1561年（永禄4年）ないし1566年（永禄9年）の織田信長による美濃侵攻にあたって、木下藤吉郎（後の豊臣秀吉）がわずかな期間でこの地に城を築いたと伝えられている。これがいわゆる墨俣一夜城であるが、不明な点が多く、様々な議論がある。藤吉郎が（天下人）となる出発点として、全国にその名が知られています。
現在、墨俣城跡の北西側は一夜城跡として公園に整備されている。公園内には大垣城の天守を模した墨俣一夜城歴史資料館が建てられているが、史実上の外観とは異なる。
実際にここに城（天守）があった記録は無い。それなのに立派な城です。
墨俣一夜城の当時の模型
実際の所は、場所も不明で、一夜で無き３日程掛かったらしく、実際にあったのかどうかも怪しい。資料通りもしあったとすると、このような堀を周りに巡らした陣地だったらしい。
